海瑞的家乡参加科举考试，海瑞听说后立刻给考官送信，告诫他不要造假，果然张居正儿就没有考上，张居正很生气，命令巡按御史考察海瑞。御史到山审察，海瑞杀鸡为黍相招待，房屋居舍冷清简陋，御史叹息而去。回去报告张居正，张居正也是叹息了一阵，原来想惩治海瑞的心也没有了。万历十二年冬天，张居正已死，吏部拟用为左通政，皇帝向来器重海瑞名，给他以前职。明年正月，召为南京右金都御史，在道上改为南京吏部右侍郎，海瑞当时年已七十二岁了。上书言衰老垂死，愿意效仿古人尸谏的意思，大略说：“陛下励精图治，而治平教化不至的原因，在于对贪官污吏刑罚太轻。诸臣都不能说到其原因，反而借待士有礼的说法，大家交口而其非。待士有礼，而平民百姓则有什么罪呢？”因而举明太祖刑法剥人皮装上草制成皮囊以及洪武三十年定律枉法达八十贯判处绞刑的规定，说现在应当用这样的方法惩治贪污。其他谋划时政，言语极为切实。只有劝皇帝用暴虐刑法，当时评议认为是错误的。御史梅鹃柞弹劾海瑞。皇帝虽然认为海瑞言论有过失，然而清楚海瑞的忠诚，为此免去梅鹃柞俸禄。
皇帝屡次要召用海瑞，主持国事的阁臣暗阻止，于是任命为南京右都御史。诸司向来苟且怠慢，海瑞