第二次入侵西藏，很快攻陷拉萨，清朝驻藏大臣有泰令西藏地方政府与英国签订了《拉萨条约》，严重损害了中国的主权，引起中国人民的强烈反对和帝国主义的干预。清政府在严禁有泰签押的同时，向英国政府提出谈判的照会。此次谈判关乎中国西藏的主权，尽管英方代表采用了威逼恐吓，但唐绍仪的代表团不为所惧，据理力争。自鸦片战争以来，英国利用坚船利炮作后盾胁迫清政府签订不平等条约从中获得大量权益，因此英方试图继续施压，无意退让。唐绍仪见此情况，在征得清政府同意下，宣布中止谈判，使英方的企图无法得逞。后谈判地点转移到北京，唐绍仪仍在围绕西藏主权问题决不妥协的前提下参加谈判，由于唐绍有的坚持，加上英国政局的变动，在英方承认中国在西藏的主权的前提下，与中国签订了《中英续订藏印条约》。尽管该条约仍然失去一些权益，但在当时的情况下，维护了西藏主权，无异于是唐绍仪最大的贡献，是值得我们称道的。
值得一提还有，唐绍仪在自己任内尽力收回海关的主权。自鸦片战争后，中国逐渐失去海关的自主权，特别是在1863年总理衙门任命英国人赫德为海关总税务司后，西方国家利用这一便利的条件，逐步控制中国的内政和外交。1906年清政府设立