部门感到震怒，经过他们的调查，他们认为是男主角的疏忽导致任务失败并造成如此大的人员损失，于是男主角被永久停职。原本打算光荣退休的男主角一时间居然成了部门里的丧家之犬，但是最让男主角气愤的并不是自己的名誉，而是自己的好搭档居然活生生地死在自己面前，他决定要调查清楚。
因为前两部《碟中谍》的大卖，因此剧组的预算颇高，所以吴宇森就带着阿汤哥一会出现在香港，一会出现在东京，然后又一会出现在梵蒂冈。在各种不同文化背景下的打斗戏和枪战戏让观众们看得兴奋异常，而吴宇森各种暴力美学也在片中得到了淋漓尽致的体现。在这段过渡戏中，不少影评人对吴宇森把握电影节奏的评价高了许多。
很多影评人在心底不由得感叹，难怪吴宇森在好莱坞混得如此只好，他对好莱坞的各种潜规则已经是掌握得炉火纯青。但是吴宇森身上那种东方文人气质却几乎越来越难被体会到，这和他的同胞李安比起来已经差了许多。但好在吴宇森在商业电影中还是有自己的追求，因此还算被影评人的接受。随着故事的进展，阿汤哥也渐渐发现了幕后的黑手，但是让他意料不到的是，他在现实世界的身份也被人揭穿，让黑手抓到了他的女友来威胁自己。
《碟中谍3》的