镇抚司的人要千里迢迢跑来北京城履行职责？
南、北镇抚司职责不同，南镇抚司主管包括锦衣卫在内的京城军队人员之犯罪侦查、审讯、判决、情报以及军事武器之研发事项。
而北镇抚司主管各地藩王及官员秘密监视、肃反肃贪，独立侦讯、逮捕、判决、关押拘禁（诏狱）以及反间谍事项。
最开始时，锦衣卫与别的亲军卫一样下面只设有一个镇抚司，也就是南镇抚司。
永乐皇帝登基后在锦衣卫下又设了一个镇抚司，也就是后来的北镇抚司。
其实，北镇抚司成立后很长时间里没有自己的印信，一直与南镇抚司共同用印，直到成化皇帝登基后这才解决了这个问题，明确了南、北镇抚司的职责，铸造了南、北镇抚司的印信。
为了区分两个镇抚司，印信上以“南”和“北”进行表述，这就是“南镇抚司”和“北镇抚司”的由来。
本来，南镇抚司和北镇抚司都受锦衣卫最高长官—都指挥使的管辖。
不过自从北镇抚司有了自己的印信，确定了专理诏狱的职责后权力日益增大，其最高长官北镇抚司镇抚使有了面圣的资格，逐渐使得北镇抚司被皇帝直辖，连锦衣卫都指挥使都无权干涉北镇抚司