事实证明万历皇帝的做法是对的，各个衙门在朝廷的大裁撤后依然流畅地运作，由此一来着实节省了一笔不菲的俸禄开支。
另外，与大明历朝历代的皇帝不同，由于万历朝开始大明朝堂上的党争日益激烈，再加上文官集团对万历皇帝限制颇多，故而万历皇帝非常反感朝堂上那些整天只知道空谈和倾轧的官员非常反感。
其中，万历皇帝最厌恶的官员莫非大明的言官，也就是都察院的御史和六科的给事中，在他看来这些言官除了党同伐异外就是清谈，另外还有给他添堵，干实事的言官越来越少。
故而，万历皇帝就有意不给言官补缺，如果不是大明的祖制再加上言官涉及到了文官集团的基础利益，他真的想要裁撤言官。
按照大明定制，御史为一百一十人，给事中为五十人，万历皇帝亲政后御史和给事中就开始产生缺额，等到了万历末期连一半的名额都不足。
另外，或许是因为争国本的事情中激怒了万历皇帝，或许是万历皇帝受够了朝堂上的党争，六部的堂官，也就是尚书和侍郎也产生了缺额，出现了一个人兼掌两三个部院职务的事情。
例如万历四十七年，户部尚书李汝华就兼任吏部尚书，一个人管理大明六部中两