跟新军、水师受到了截然不同个的待遇，自然是因为其要管辖万历皇帝开启的海外贸易。
在万历皇帝圣旨里，海关司将主导与海外诸国的商贸往来，其所收的海关关税将纳入太仓库。
这就意味着万历皇帝决定废除已经名存实亡的朝贡贸易，朝贡贸易与其说是贸易倒不如是大明对海外前来朝贡的藩属国的一种赏赐。
由于洪武皇帝的禁海令，故而大明民间的海外贸易已经被禁止，大明与海外诸国的贸易就是由官方主导的朝贡贸易：海外藩属国派使节来大明朝贡的同时带来货物与大明有关的衙门进行交易。
大明以天朝上国自居，故而对那些不远千里前来朝贡的海外藩属国给予了极大的优惠和关照，在与其交易时不计较利益的得失，以高价收购朝贡使臣带来的货物，并用低价卖给他们大明的货物，使得其来一趟大明赚得盆满钵满。
值得一提的是，自海外朝贡的使臣团队登岸起，其团队里上上下下随行人员的衣食住行就由大明相关的衙门负责，享受着贵宾般的待遇，大明每年在接待海外朝贡使团上花费甚巨。
因为大明的朝贡贸易使得朝贡的藩属国会从大明得到丰厚的利益回报，故而不仅海外藩属国乐于其中，频繁向大明派