巡抚后想大干一场立下功绩，于是坐镇广宁城后立刻进行了一番军事部署，想要层层设防阻挡后金。
等王化贞把此事上奏给朝廷后，得知消息的熊廷弼认为不妥，不过他并没有与王化贞沟通而是也给朝廷上书，认为应该着重防守广宁城，不应该分兵。
熊廷弼上了这道奏章后天启皇帝对此非常赞同，特意下诏嘉奖了熊廷弼，废止了王化贞的计划。
王化贞因为此事颜面尽失，故而恨透了熊廷弼认为熊廷弼故意给他难堪。
其实，在此之前两人之间就已经有了小摩擦，明廷从各地调来的军队抵达广宁后，王化贞改部队名号为“平辽”，这使得辽西和辽东的百姓很有意见。
于是熊廷弼以辽人没有叛乱为由，让王化贞改为‘平东’或‘征东’，以安抚辽人，这令王化贞心中感到颇为不满。
而奏章的事情使得王化贞与熊廷弼有了私人恩怨，经略、巡抚不合的苗头已然显现了出来。
说起来，王化贞与熊廷弼之间的矛盾之所以会激化，还与毛文龙有关。
天启二年熊廷弼上书朝廷，准备实施他三面围困后金的策略，希望朝廷能联络朝鲜征朝鲜八道兵力备战。
与主张围困后金的熊廷