不仅如此，魏忠贤还以高攀龙和周起元等人以东林书院为基地结党营私为由，奏请天启皇帝拆除了大明各地除了公学和私塾以外的书院，禁止以讲学为名结社。
一时间，包括东林书院在内的大明各地书院悉数被拆毁。
终明一代，一共有四次禁毁书院的事件生，明代的书院可以说命运多舛，屡遭劫难。
明廷当然不会没来由地这样做，而是这些书院的一些行为已经触动了朝廷或者朝廷当权者的利益，故而将其毁去。
第一次和第二次生在嘉靖年间，第三次生在万历年间，第四次生在天启年间，也就是魏忠贤主导的这次禁毁书院的事件。
值得一提的是，第三次禁毁书院的人是万历辅张居正，张居正曾说：
“圣贤以经术垂训，国家以经术作人，若能体认经书，便是讲明学问。何必又别标门户，聚党空谈。今后各提学官，督率教官生儒，务将平日所习经书义理，著实讲求，躬行实践，以需他日之用。不许别创书院，群聚徒党，及号召他方游食无行之徒，空谈废业”。
由此可见，张居正禁毁书院并不是禁止学校所教授的经书义理，而是反对一些人以书院为媒介“聚党空谈”，这才是最为重要的。