。漕府领卫军十二总共十二万七千六百人，运船一万一千七百只，另遮洋总（海军）七千人，海船三百五十只，专职漕粮运输，称为运军。在地方，以府佐、院道和科道官吏及县总书等掌管本地漕事。中央户部和漕府派出专门官员主持各地军、民粮船的监兑和押运事宜。州县以下由粮长负责征收和解运。粮长下设解户和运夫，专供运役。
明初承元之故，以海运为主，河、陆兼运为辅。一由江入海，经直沽口至通州，或径往辽东；一由江入淮、黄河，自阳武县陆运至卫辉府，再由卫河运至蓟州（今河北蓟县）。江南漕运，则由江、淮运至京师南京。以承运者而言，海运为军运，余皆**。雇运权是一种辅助形式。永乐年间因迁都北京，粮食需求日增，而海运艰阻，遂整治大运河，即从杭州湾通往北京的漕河。其办法：一是疏浚会通河，造漕船三千余只，以资转运。二是在运河沿岸淮安、徐州、临清、德州和天津五处建置漕粮仓库，亦称水次仓。
漕运方法历经改革，在明代趋于完善，计有：
支运法（即转运法）。永乐十三年漕运总兵官陈■推行。规定各地漕粮就近运至淮、徐、临、德四仓，再由运军分段接运至通州、北京。一年转运四次。农民参加运粮即免纳当年税粮