于京口之南修建了江南运河上的第一座堰埭（丁卯埭），节制了河水的流失。东晋时，为改善江淮间的运输条件，曾对邗沟进行多次整治。邗沟与鸿沟、汴水等运河开通以来，淮北地区的泗水成了南方沟通中原和黄河下游的主干。谢玄北上伐前秦至彭城（今江苏徐州市）时，遇泗水洪流，军粮运输受阻，便建造七座堰埭，分段控制彭城东南六十里的吕梁河等泗水支流。东晋时还于彭城之北开人工渠，使汶、济、泗诸水相通，泗水过彭城西，入汴通黄河。北魏经略江淮，于水道之沿立仓十二处，储漕粮以供军需。
这一时期，针对各航段水位高下不一的状况，还建造了许多堰埭，漕河人工化、渠化的水平提高，运载能力增强。
【隋唐】
隋代先后修通四段运道：山阳渎，自山阳（今江苏淮安）引淮水达扬子（今江苏仪征县治东南）入长江；通济渠，自西苑（今河南洛阳西）引谷、洛水达黄河，又从板渚（今河南汜县治东北二十里）引黄河水通淮河，实际是利用汴水取直航道（唐代改名广济渠）；永济渠，北起涿郡（今北京西南），南通黄河；江南河，自京口至余杭（今浙江杭州）。隋唐大运河纵向沟通了海河、淮河、黄河、长江与钱塘江五大水系。
隋文