司使总领漕政，各路转运司（漕司）负责征集，发运司负责运输。北宋对运河进行一系列整治，恢复与完善坝闸制，并创建复式船闸。加之北宋漕线较隋唐缩短近半，故运输能力大增。
汴渠的水源黄河仅有半年左右充沛期。为有效利用半年可航期，北宋仍承唐转般法，并以“平籴”为其基础，江湖、两浙，宿亳（淮南路）米麦，分别籴于真州（今江苏仪征）、扬州和泗州。发运使一员驻真州，督江浙等路粮运，一员驻泗州，负责真州至京师粮运。所在粮仓称转般仓，丰则增籴，饥则罢籴，将当纳粮额折交斛钱（额斛），另从本地仓储中代支起运（代发）；诸路运转司所征漕粮交发运司。若耽误可航期，发运司则以一百万贯的“粜籴之本”，就近趁粮价贱而籴粮起运。此法自熙宁变法以来更趋完善，发运司的本钱从一百万贯渐升，最高达三百五十万贯，除保证六百万石的年运量外，真、泗二仓还有数年储备。江南各路漕船按期至真州等仓后，还可装官盐返航，增加了效益。发运司掌六千只左右漕船，纲运制进一步完善，熙宁二年（1069）又招募客舟与官舟分运，征召一批商船直运至京。宋初东南六路漕米数目不定。太平兴国六年（981）始定岁运江淮税米三百万石，至道初（至道始于995）五