考上了中科院应用物理研究所的研究生。当时核物理研究所和应用物理研究所毗邻，顾雁遥经常在下班后推着他那辆黑色的飞鸽二八式的自行车和同路的秦仲恩边走边聊，所以研究所里几乎没人不知道以第一名的身份考进来的小秦同志是顾教授的“乘龙快婿”，闲暇时没少打趣他。他个性虽清高但并不迂腐，对于别人的玩笑只是一笑了之，并不介怀，更不会为了避嫌而刻意疏远顾家人，于是顾雁遥对他的印象更好。
进入八十年代后，核能利用方面也不像过去那样迫切，粒子物理逐渐成为一门独立的学科。在顾雁遥的多次提议下，经过上级批示，从京津市核物理研究所划分出一个粒子研究所出来，顾雁遥兼任所长。当时欧美各国都在进行粒子加速技术的研究。所里花重金引进的中、高能加速器和重离子加速器都来自于外国重点实验室，顾雁遥自然不甘心长期掣肘于人，立志要建造出强束流中高能加速器。这类加速器不仅能提供直接加速的离子流，还可以提供次级粒子束，一旦研究成功，绝对处于国际领先水平。
攻关小组很快组建完毕，不眠不休地日夜钻研，顾雁遥将家庭儿女悉数托付给了在音乐学院教钢琴的妻子舒停云身上，吃在所里，宿在所里，简直比三顾家门而不入的大禹还要敬业。