了一份自辩奏章，往京师送去。
在奏章中，林纯鸿首先回顾了北上剿匪的辉煌经历，大肆夸耀战功，并极言荆州、夷陵为了供给前线将士作战，生活每况愈下，惨不忍睹，同时向朱由检大表忠心，声称自己为了剿匪，食不安寝、睡不安眠，如此这般，方才连战连胜。
紧接着，林纯鸿竭力否认擅自开府建衙一事，声称自己为了供应前线将士，不得已组织商号博取利润，一切都是为了剿匪。商号也需要管理、安防及监督，之所以有中书府、都督府及监察府之传闻，乃伙计妄称之罪。林纯鸿保证，将克期整顿，若伙计有逾越之罪，定惩不饶！
至于江匪劫掠一事，林纯鸿声称，并非受他指使，乃属下为财利所惑，临时起意，方才出现此类事。林纯鸿表示，将严厉处罚属下，给受损的商旅一个交待。
林纯鸿还辩称，以荆州左卫、大田千户所为名制造武器，乃迫不得已。卫所制度崩坏已久，所造武器甲装根本不堪用，荆州军将士极度缺乏武器甲装，不得已，方才另起炉灶，为荆州军自配武器甲装。
对于逼迫监视地方官僚一事，林纯鸿声称，地方官僚专注贪腐、唯务党争，致使前线将士供应不及，导致许多绝佳战机白白错过。为了提高地方官僚的效率，不得已派出弓