司马迁遇难，是因为李陵。李陵是李广的长孙。李广自杀十九年后，李陵随贰师将军李广利出征祁连山，奉命率步兵五千人吸引匈奴兵力，结果被八万人团团围住。李陵血战八天而救兵不到，弹尽粮绝，被迫投降。
显然，李陵之败，是因为李广利指挥失当，救援不力。
但李广利是汉武帝的大舅子，当然不会被追究责任。相反，司马迁为李陵说公道话，却被视为别有用心。
于是，汉武帝将司马迁下狱法办。
司马迁被判处的是死刑。依照当时的律条，死刑可以用钱赎买，也可以用腐刑顶替。但是他没有那么多钱，周围的人也不肯伸出援手。如果像李广那样去死，则《史记》无法完成。司马迁别无选择，只能接受腐刑。
腐刑又叫宫刑。受此刑者，男的割掉阴茎，女的破坏阴道。这当然极其残忍，也为任何男人和女人所无法忍受，因此在汉文帝时一度被废。不过，此刑很快又被帝国恢复，直到隋文帝开皇初年才被彻底废除。
可惜，司马迁遇到的不是隋文帝，而是汉武帝。他只能去承受肉体的痛苦和精神的屈辱。受刑之后，司马迁“肠一日而九回”，坐立不安，汗流浃背，神情恍惚，一度仿佛变成
没有灵魂的行尸走肉。