迁昆明，钱穆则借住宜良北山岩泉下寺一别墅，后移居寺中，撰著《国史大纲》。通史课程，前在北平讲授四年，迁来昆明后又两度讲授。每周四、六晚间开讲，二百余座的大教室挤得满满的，来自校内外的学生或席地，或依壁，或据窗台，或倚窗外，盛况又过北平时代。国人民族意识高涨，加上钱穆学养深厚、史识卓拔，才思敏捷，擅长讲演天才，感染力强，故讲者听者易引起共鸣，极一时之盛。
钱穆于１９３９年暑假携《国史大纲》书稿至香港交商务印书馆。当时规定，书籍著作要经政府审查后方可出版。钱穆这类书，要经审查并依指示修改后呈请再审查，才能付梓。钱穆坚持己见，最后几经周折才于１９４０年６月按原稿出版。是书引论被学林推重为“近世大文章”。引论指出中国传统文化、政治、社会、学术思想，有其独立发展之系统，与西方文化发展过程不同。他主张吸收、融合世界各国文化新精神以求变求新，但必同时致力于发掘中国文化系统的独特性，对中国文化的生命力抱有无比坚定的信心。他致力于重建中华人文精神，重建中国人对中华民族的感情和对中国历史的尊重，坚信中国文化调整和更新的动力与前景必来自先民所贻的文化系统的内部，希冀“能于国家民族之内部自身，求