部队一过黄河，走不了两天就会饿得走不动。至于以兵就食，河北全是建奴，地方已染残破，根本就得不到任何补充；第三，他和马士英这次出兵，可以说将整个南京的兵力都等抽调一空。如今，南京已经空虚。南京乃是大明朝的财赋重地，若这里有个三长两短，那才是彻底没希望了。
之所以退兵凤阳，最重要的原因是张献忠来安徽了。
就在李自成正忙着攻击略襄阳，准备建立政权的时候，张献忠已经在安徽潜山天堂寨山区扎下根来了。并乘孙元和马士英北上讨伐刘超，将南京地区的部队和粮秣抽调尽数带走的时机，跃跃欲试，有东犯的架势。
南京大震，兵部急令庐州总兵黄得功和寿州的总兵官刘良佐率兵攻打潜山地区。
这两支部队根本就没有任何战斗力，如何是张献忠的对手，一开始很吃了些败仗
。不过，张献盅手下的革左五营见李自成在河南干得不错，前途一片光明，竟率部离开八大王投奔李自成去了。
革左五营的离去让张献忠措手不及，实力受损很大。于是，在安徽西南部战场采取了守势，和黄得功、刘良佐对峙。
马士英和孙元这次回师，主要任务是参加安徽西南战事，击退张献忠部。