相关的官员安排和朝廷设置是：史可法出任内阁首辅一职，马士英出任次辅，督师江北，以节制诸镇，高弘图和姜曰广入阁任阁员
。
按照朝廷的分工，马士英应离开南京去江北负责北征军事。不过，孙元知道老马这次回南京根本就不打算离开，估计下来会有大动作，说不好这个动作会伴随着钱谦益的折子和阮大铖复出。
接下来的南京会非常热闹的。
黄道周、何楷、张有誉、王心一、何应瑞、高倬、解学龙、贺世寿为各部侍郎；刘士祯、侯峒曾、郑瑄、许誉卿为寺卿；建言科道章正宸、熊开元、姜埰、庄鳌献、袁恺、马兆义、杨时化、詹尔选、李模、张瑄、郑友立、乔可聘、李曰辅、******等原官起用。徐沂、曹勋、吴伟业，并以少詹事兼侍读学士。
改内官监卢九德为司礼监秉笔太监，提督京营。忻城伯赵之龙总督京营戎政。这是早已经定下来的，不过是走走程序，发个公文罢了。
以左懋第为右佥都御史，巡抚应天、安庆、徽州、宁国、池州、太平、广德等处地方，提督军务兼理粮储；以田仰巡抚淮扬等处地方，提督军务兼理海防；以祁彪佳为右佥都御史，巡抚苏松等处地方，总督粮储、提督军务。另以