在同年十月，第穆“因病”请求“辞退”，驻藏大臣奎焕向清朝政府上奏，批示是：“谕军机大臣等，……第穆大臣图克图既据奏称因病力求辞退，著即准其所请，所有藏番政教两务即归**喇嘛掌管”，据十三世**的藏文传记载，摄政第穆呼图克图名义是“辞退”了，实际上仍操纵着大权，并进行诅咒，想把十三世**害死，据说有一天第穆呼图克图之弟傲布才仁给十三世**送了一双靴子，**穿上以后感到身体不适，就请乃迥降询问，乃迥说第穆呼图克图送的靴子里面有鬼，**把靴子拆开检查，果然发现里面藏有**生辰年月日的咒符，可使十三世**早日死亡，于是十三世**就逮捕了第穆呼图克图之弟傲布才仁进行审讯，当晚第穆呼图克图即在他的丹吉林寺暴亡，时年四十五岁。
此后十三世**就真正掌握了西藏的大权，不过让他名留史册的还是他两次长距离的逃跑。
第一次是在1903年，英国人入侵西藏，刚刚签了庚子条约的大清对于英国人的行为自然是视而不见听而不闻了，十三世**是有骨气的，他立刻组织勇敢的藏军去抵抗英国人，然后，然后他自己就跑了，当然他逃跑不是害怕，而是避免被英国人俘虏，因为藏军在这次战斗的表现实在是让他觉得靠不住