发生了维新运动，1907年11月，法国殖民者查封东京义塾，镇压维新运动，勾结日本统治阶级破坏东游运动，1908年11月间，日本政府下令解散越南留学生组织，潘佩珠开始转向“与我同病者”，和旅日的国、朝鲜、印度、菲律宾等国革命者成立东亚同盟会（即亚洲同盟会,也称亚洲和亲会），又与国云南、广西留日学生组织桂滇越联盟会,以相互支援、共同反对帝国主义，1909年被日本政府驱逐出境，离开日本到广州，1910年前往泰国，1912年1月从泰国再赴广州，在辛亥革命的影响下，1912年2月改组维新会,成立越南光复会并任总理，8月同苏少楼、邓警亚等国人士在广州成立振华兴亚会，同时，派遣光复会会员携带武器回国活动，孙山出任南京临时政府大总统时,潘佩珠曾到南京会晤孙山和黄兴，1913年,在广州被捕入狱，写下《狱书》,记述其反法活动。
不过和历史上不同的是，1916年，青年军攻占广州后，潘佩珠获得释放，随后潘佩珠参加了孙文的华革命党，并组织了几百名越南青年投身到了福建战役，浙江光复等战斗。
国民政府成立后，和孙山私交不错的潘佩珠出任国民政府职务，担任国民政府教育部下属的东亚文化研究所所