朝战争彻底掀开了一角。随着朱一刀秘密带着京师卫所从京师消失之后，满朝文武忽然发现，皇上似乎是变了一个人，不仅仅每天都要看奏报，还催促着新内阁及时处理政务。
天上又下起了瓢泼大雨，把整个城都笼罩在了雨幕当中。沈一贯走出值班议事堂，望着阴沉沉的天，沉默不语。老天当真要变了！
万历十八年三月，京师卫所在朱一刀的指挥下，不远万里分批东渡扶桑，潜藏于京都。经过数月准备，于八月中旬，对倭寇天皇实行斩首行动。毕飞翼发挥重大作用，直接空降军士于皇宫，一举擒获包括正在宫内陪同天皇用膳的几乎全部主要官员，逼迫倭国投降大明。
万历十九年二月春节前夕，万历遣特使赴日，接受日方投降申请书。同时接京师卫所回国。京师卫所入京当日，万人空巷，尽皆瞻仰。有明一朝，万历皇帝文治武功达到巅峰。
万历十九年二月春节最后一天，朱一刀上书请辞锦衣卫，帝不允。三度上书皆无下文。八月，浙江改稻为桑宣告成功。内阁任命钱宁为浙江巡抚兼布政使。
万历二十五年五月。锦衣卫突然出手，以图谋造反为由，尽屠辽东、京畿之后金人将近二十万众。一时间激起全国民愤，皆骂朱一刀为屠夫。