北岸大堤形成后，阻止了黄河北泛，保障了会通河畅通。但是放任黄河向南分流。却给黄河以南地区造成了经年不断的洪水灾害。最终黄河下游南向分支越来越多，分支愈多，河流的挟沙能力愈低，河道状况也就愈益恶化。
弘治时下游分成三支。至嘉靖末年，山东、南直境内的黄河多达十三股分支，黄河已经没有了主流河道。
嘉靖二十五年，为了治黄，人为把黄河引入泗水南流，和淮河一起入海。由于黄强淮弱，淮河下游积沙渐高，形成地上河。淮河不再成为一条畅通的水道，而在淮河较低地方，即在淮泗汇口以上的洪泽湖区，首先积水成一湖泊，把宋代以前各小湖连起来，成了洪泽湖。
也是因此，淮河地区水患不断。
直到嘉靖四十四年，潘季驯开始了长达二十七年的治河工程。
在潘季驯的治理之下，黄河终于趋于稳定，但是随着河床不断淤高，黄河两岸决口增多。从万历二十四年之后，黄河几乎年年决口，灾区甚至南移到了苏州一代。
就开封而言，除了黄河水患这等天灾，还有＊＊。之前李自成攻打开封，为了尽快破敌，决河灌城，生灵涂炭。而且后来战事变迁，李自成也不曾经营过开封，破开的河口自然不会有人去彻底