，原先的六部，如今成了十二部，分别是吏、户、礼、兵、刑、工、农、驿、监、物、医、商。魏了翁提出的官制改革计划当中，农、驿、监三部得到保留，但矿部并未设置，而且监部的职责始终只能监督丞相以下的大臣，却不能约束到天子。新设的另外三部，物部其实是智学部，只不过直接用智学这个词怕引起士林反对，因此借用了“格物致知”的“物”字，主要职责是科研与推广智学和职业技能教育，将原先礼部的部分职责分了过来，设置这一部的目的，自然是为了让大宋已遥遥领先全球的科技优势得到保持；“医”部全名是“医药与民力部”，其主要责任是改善全民医药条件，在最短的时间内增加大宋人口，设立这一个部，赵与莒颇冒了些争议；“商”部是此次天子设立诸部中引发争议最多的一部，自古以来商人地位便是不高，但大宋如今税收有八成以上仰赖工商，工业归了工部管辖，可随着国内贸易与海外贸易的兴盛，这商业与商贾由谁来管辖便成了一个巨大的问题，朝中有见识的大臣也都知道有必要设立专门管辖商业的机构，但长期以来商人地位偏低，使得提出这样的建议必然会冒上风险，最后赵与莒不得不亲自提出。
原先的六部职能也有所更改，比如说礼部，组织考试的职能已经交至物