上海合作组织秘书处设在京城，下设几个部门，主要分为政治军事、经济、文化、内务安全（反恐等多个常设部门。
上海合作组织也是第一个以中国城市为名国际性组织，中亚地区除土库曼斯坦因为是中立国没有参加外，其他诸国都已经加入了这个组织，而伊朗和巴基斯坦都已经成为观察员国。
随着上合组织成员国各国的政治经济日趋紧密，尤其是中国大力实施走出去战略，资本和企业近几年向中亚地区拓展很，不但有力的促进了中亚地区各国经济发展，成为中亚诸国国内重要投资来源，中国与中亚诸国政府之间的关系也加紧密。
在这种情况下，中国和俄罗斯都对可能爆发的潜在危机充满警惕，而吉尔吉斯坦国不太稳定的形势也直接牵动着中俄两国的神经，美国已经打进了玛纳斯空军基地这个楔子，一旦被其借机拓展，那么中亚这块土地上就真的要风云变幻了，论是中国还是俄罗斯，都绝不愿意见到的。
觉察到这种微妙的中俄两国都已经向吉尔吉斯坦提出了警告，并采取各种措施，积极帮助吉尔吉斯坦稳定政治经济形势，尤其是支持吉尔吉斯坦发展经济，改善人民生活状况，一个安定而祥和的中亚符合中亚诸国利益，也符合中俄两国利益。