康熙九年加封都察院左都御史，担任经筵讲官。康熙十一年改任兵部尚书。康熙十二年，皇帝到南苑晾鹰台巡视八旗兵，纳兰明珠提前颁布教条训练士兵，等到检阅之日军容庄严整齐，康熙因此非常赞赏他的才能。并进一步的重用了他。
后纳兰明珠是因撤销三藩之事深得康熙赞赏，从此成为了他十分倚重的大臣。于是纳兰明珠接下去的仕途便更加顺畅起来，康熙十四年，纳兰明珠调任吏部尚书。康熙十六年被授予武英殿大学士，期间担任实录、方略、一统志、明史等重要皇家著述的总纂官，不久后加封太子太师，权倾朝野。
当然在康熙掌控的朝堂之上不可能会让纳兰明珠一家独大，所以康熙同时还重用了他年幼时的辅臣索尼之子索额图，一方面索额图的背景强盛另一方面索额图也确实较为能干。
首先在康熙对抗鳌拜之事中，索额图是紧紧的跟在了康熙身边，对鳌拜亦是痛恨无比，在康熙八年五月，康熙“以弈棋故，召索相国额图入谋画”，采取突袭的方式，逮捕鳌拜，惩其党羽，得真正主持朝政。八月，索额图升任国史院大学士。九年恢复内阁制，索额图改为保和殿大学士，一直到十九年八月离任。在这十年中，他成为朝廷里很有权势的大臣，在平定”三藩之乱”，稳定全国动