被真正地称之为忍者，而且是时代不同，对于忍者的称谓也不同。
如飞鸟时代被称为“志能便”；奈良时代被称为“斥候”；战国时代被称为“乱波”；江户时代才被称为“忍者”。
而也就是在江户时代时，各大忍者家族崛起，但是同样的这些忍者家族也纷纷为r国的各大势力服务，如六角氏，筒井氏，细川氏服务。
但是后期各大忍者家族则臣服于当时的天下霸者织田信长，这一时期的忍者家族得到了极快的发展，同时有两大忍者家族却是成为了忍者界的霸主，其一就是以甲贺万谷为首的甲贺家族，其二就是以伊贺锷隐为首的伊贺家族。但自源平合战以来，这两大家族便是不共戴天的世仇，毕竟两个家族各为其主，天天里尽是些你杀我，我杀你的游戏，所以不成为仇人才怪呢。
两族互相斗争了四百年，直到初代服部半藏与两族签下了停战协定，才开启了两族之间和平共存的局面。
之后直到德川幕府的时代，甲贺家族内人才倍出，居然可以与当时有着“御用忍者”之称的伊贺家族分庭抗礼。