吹如果哥伦比亚政府一意孤行，仍然为米国收购法国运河公司的租让权设立障碍，则巴拿马人民为捍卫自身利益，应该脱离哥伦比亚而独立。
7月，巴拿马“爱国者小组”开始讨论独立起义的具体计划。
8月，阿马多到纽约会见了克伦威尔和瓦里亚，得到了米国政府将会支持独立起义的消息，瓦里亚表示，他已得到西奥多·罗斯总统和米尔顿·海约翰国务卿的明确承诺，米国政府将承认巴拿马独立并保护革命者。
1903年11月4日，巴拿马举行群众集会，宣布独立，推选阿马多为共和国首任总统。
阿马多在会上致辞时高呼：“巴拿马共和国万岁！罗斯福万岁！米国万岁！”的口号，这已经很能说明问题。
对于巴拿马的独立，一位米国参议员写道：
巴拿马人民是站起来了，像11个人一样！因为巴拿马独立起义是在米国支持下，由7个巴拿马人和4个米国人策划的。
古斯塔夫·阿道夫·梅利安德写道，“巴拿马独立是为了便宜嫁给米国”，是一个“损害主权的杂种国家”。
所以，巴拿马共和国从成立伊始，就是一个为了满足米国利益和运河独占权而诞生的怪胎，对于新的主人而言，这不是个一劳永逸的选择。