在这个职位上，他已是大权在握，掌握着希特le的对外声明，对纳cui德国政府政策的影响也在逐步增加，1943年，他再次兼任希特le的私人秘书。
到了1945年，希特le和纳cui德国行将末路之际，马丁.鲍曼被指定为纳cui元首遗嘱执行人，希特le在他的遗嘱中，将马丁.鲍曼称为其‘最忠实的同志’。
据传说，希特le自杀之时，马丁.鲍曼就在现场，希特le死后，马丁.鲍曼于五月一日从总统府地下室逃离，从此下落不明，彻底从人们的视野中消失了。
1946年，在纽伦堡举行的世纪审判中，马丁.鲍曼以战争罪和反人道罪被缺席判处死刑，因为当时还没有确认马丁.鲍曼已经死了，这变成了一个悬案。
此后的几十年，有关马丁.鲍曼下落的各种传说层出不群，其中流传最广的说法是，他逃到了南美洲，在那里隐姓埋名隐居了下来，一直活到寿终正寝。
还有另外一种说法，因为他掌握着纳cui的钱袋子、是诸多纳cui宝藏的唯一知情人，他以诸多纳cui宝藏为谈判和交换条件，换到了自由和安全。
1974年，在柏林莱特火车站的一处工地上，人们发现了几具骸骨，后来经过专家学者的仔细研究