总部是位于帝京的亲军都尉府，其中分南北镇抚司，南镇抚司对内，北镇抚司对外。其中北镇抚司之下又有数个并不驻守地方的千户所。
第一千户所从事老本行，监察百官。在以前是最为要害的部门之一，不过还要看皇帝陛下的意思，既然皇帝陛下不重视青鸾卫，那么这个千户所就是个摆设，虚应故事罢了。
第二千户同样是涉及情报，与第一千户所的不同之处在于，第二千户所主要是对外，向敌国派出细作密探，与黑衣人关系密切，经常合作，也是青鸾卫中名声最好的一个部门。
第三千户所负责监察天下一十九州的官吏，过去大权在握，如今与第一千户所是差不多的命运，成了摆设。
第四千户所，因为谐音“死”字，所以负责暗杀等事宜。不过这些年来，业务寥寥，再养着庞大的业务人员就有些不合适了，所以一再精简，为数不多的业务大多都外包给了“客栈”。
第五千户所，同样大名鼎鼎，被称作提刑千户所，掌刑千户和理刑百户各一人，又称刑官，负责诏狱，行使狱卒的职能，关押、拷问犯人，各种骇人听闻的酷刑都是出自这个千户所。
第六千户所，负责宿卫皇宫和皇帝仪仗，现在同样成了摆设。