灭亲，攻破北京城，城破之日，朱棣拔剑自刎；而魏国公则眼睁睁的看着两位亲外甥郡王跳下城墙当场摔死，魏国公的亲妹妹燕王妃服毒自尽。
如此强悍冷血无情的手段，对付一些顽固不肯迁都的老臣更不在话下，建文帝下令重修都城和皇宫，疏通京杭大运河，还从开辟了从通州到新都北京的运河，方便运送粮食等物资进京，并在京城附近屯兵，保护京师安全。
还效仿他爷爷朱元璋下诏天下，招募富户、大族等入住京城，用了约二十年的时间，终于将新都城建好了，整个皇室以及中央朝廷连根拔起，迁往北京，这片经常刮起风沙天气、暑热冬寒的地方再次成为政治中心。虽然南都已然保留着中央六部都察院等一整套班子，但是基本都是有名无实的空衙门，对大明政治的影响力远不如北京。