在清廷进兵江南的过程中，毫无疑问，李成栋起了关键作用。
但在这个时候就发生了某个民族历史上常出现的情况：
有功者和功劳评价者在思路上发生冲突，或者说是两者在世界观上发生冲突。
李成栋自以为功勋卓著，两广总督一职非己莫属。不料论功行赏之际，清廷却重用了佟养甲。
佟养甲属于辽阳世家。努尔哈赤进攻抚顺时，他的同族兄弟佟养正叛变投降，佟氏家族一部分被明朝在辽阳杀害，一部分被押进山海关内拘禁。佟养甲的父亲当时就是被押进关内受冤而死。这叫株连。
佟养甲为了避祸，改名为董源，投入左良玉幕下。1645年清军南下，他铁心投靠清朝，重新恢复姓名。
看到此人与大明有杀父之仇，满洲贵族组织立刻对他表示信任。
由此，占领广州以后，尽管佟养甲尽管没有多少军队，也没有多大战功，却被封为广东巡抚兼两广总督。
李成栋只落个两广提督，不仅无权过问地方政务，而且在军事行动上还要接受佟养甲的调度和节制，两人原先的同僚地位变成了上下级关系。
清廷重用佟养甲而做出的不公平的对待，对于野心勃勃的李成栋来说是难以忍受的，内心的不满逐渐积累起来。