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1503年2月，达.伽马的舰队满载着掠夺来的香料启程回国，8个月后回到了葡萄牙。达.伽马因这次出航取得了“成功”，而被国王授予了伯爵的头衔。达.伽马的第二次印度之行后，葡萄牙人已基本控制了印度洋，破坏了阿拉伯与印度间的贸易。
到了1510年，第二任印度总督阿尔布克尔克占领果阿，并下令处死城内所有的阿拉伯人。
从此，果阿成为葡萄牙人在东方进行殖民活动的中心。
但只占领这一个城市是不够的，阿尔布克尔克在印度西海岸另外建立了一系列要塞，建立起对这一带许多主要港口城市的统治。
相当长的时期里，通往印度各地海岸的主要航道都处在葡萄牙军队的控制下，没有葡萄牙人的允许，任何商船都不准在印度洋上航行。对于未经许可而擅自在葡萄牙控制区内航行的船只，毫不留情地击沉或将其洗劫一空。对这些船上的船员，葡萄牙人像对海盗一样严厉地加以惩罚。葡萄牙还规定东非的各阿拉伯城市必须向其纳贡。
葡萄牙人在印度的殖民地安稳了不过百年，他们迎来了荷兰人的搔扰或是强占时期。
1640年荷兰东印度公司占领了斯里兰卡的加勒，赶走了葡萄牙人，从而打破了葡萄牙人的