这次种族大屠杀的死亡数字，历史上无准确记载。《准噶尔灭亡纪略》中说，屠杀了超过一百万。魏源《圣武记》说，计准部数十万户，“先痘死者十之四”，即因传染病死者十分之四，“继窜入俄罗斯、哈萨克者十之二”，最后“歼于大兵者十之三”。除了妇女、小孩被掠走当了奴隶之外，准噶尔蒙古所剩无几，作为一个大部落已经不复存在。“数千里间无一瓦剌帐篷”。
噶班沙拉勃在《四卫拉特史》中这样记载屠杀过后的场面：“准噶尔地区几经兵火，残破不堪。耕地、牧场荒废，城镇、村庄被毁，人口更是急骤减少。”很多年以后，龚自珍途经准噶尔，看见“准噶尔故壤，故库尔喀喇乌苏，若塔尔巴噶台，若巴尔库勒，若乌鲁木齐，若伊犁东路西路，无一庐一帐，是阿鲁台（即额鲁特，指准噶尔——笔者注）故种者。”（龚自珍《上镇守吐鲁番领队大臣宝公书》）
为了填补准部留下的土地，乾隆从各地迁移人口。其中有吉尔吉斯人、哈萨克人，有蒙古部落的喀尔喀人、察哈尔人，有穆斯林东干人，甚至还有来自满洲的锡伯人和高丽人。十多年之后，土尔扈特部落回归中国，也被安置在这片由于自己的兄弟部落被灭绝而空出来的土地上。
乾隆在国家安全问题上，采取过许多