推行政教分离，不允许宗教领袖取得世俗权力。他知道，伊斯兰教一旦实现政教合一，必然爆发强大的扩张力量，给帝国安全带来巨大威胁。平定新疆之后，他大力扶植伊斯兰世界世俗贵族伯克的力量，禁止阿訇干涉政治，高明地抑制了伊斯兰教的活力。他还十分高明地将东干穆斯林从中国西北部迁入新疆，利用他们对抗突厥语族的穆斯林，从而实现以回制回，成功地获得了新疆的稳定。即使以现代政治家的标准来衡量，乾隆对边疆问题的处理也是十分高明的。
乾隆的性格中并不缺乏善良、温和的一面，但他的本质毕竟是政治动物。对准噶尔蒙古人的屠杀，固然有泄愤的因素，更主要的却是出于长远考虑。乾隆喜欢做一劳永逸、斩草除根的事。他认为他有这个能力，也有这个责任，为后世子孙消除所有威胁。
种族灭绝，在他看来无疑是消除西部边疆威胁的最彻底、最有效的办法。为了大清王朝万世永固这个最终目标，他可以做出任何决定，也可以把自己变成一头野兽。确实，通过灭绝政策，乾隆皇帝实现了对西部中国前所未有的牢固控制。
对于整个中华民族来说，这是几千年来中国努力控制西域的一个完美结果。从汉代张骞通西域开始，天山南北以及巴尔喀什湖一带就是中原王