装抵抗者也没有给明军留下正面交锋的机会，往往在接战试探之后就很快退走，向内陆地区撤离。而明军也不敢在这种环境中冒进，只能是对岛上的村镇逐一进行清剿，但收效其实并不理想。武装分子并不会留在村镇中与明军缠斗，而俘获一帮老弱妇孺对明军而言也没有太大的价值。
他们审问了一部分百姓，其中一些知情者称目前在岛上活动的这些武装人员都是近期才从平户调过来的，而出身福江岛的青壮，却大多已经在前些日子被调离了本地。
看样子平户藩也知道无法在战时给岛上民众提供可靠的庇护，所以干脆将青壮调离这里，以免在外地来袭时被轻易一网打尽。而从外地调到福江岛的武装人员，就不用在战时顾忌岛上民众的生死和财产损失，可以尽一切手段去拖住外敌在福江岛的行动，打不过就往山林里跑，也不用考虑岛上民众被敌军俘获后的死活。
这使得明军以岛上民众为人质来胁迫抵抗者投降的念头也就此落空，即便是狠下心把岛民全杀完，恐怕躲在山林里的那些人也还是不会出来投降。
当然坚壁清野也是一个选项，但这种措施在短期内却未必能起到显著的作用。据民众交代，这些武装人员在数日前便开始向山里搬运包括粮食在内的各种生存物