但是赵昺想想又放弃了，因为他以为在封建体制，以人治为根本的社会下实现司法独立很难，且这三个部门都存在着被裁撤的风险，而时时面临生存危机的机构，你让它能安心办事也是很难的。
这当然不是空穴来风，大理寺在元代的变化则更加明显，由于当时中央行政架构与唐宋时期大有不同，中书省、枢密院、宣政院等机关掌控了国家的司法行政工神作书吧，大理寺一度被取消或并入刑部当中，即便后来复设大理寺，也没有把它当神作书吧一个中央审判机关来对待了，大理寺面临消失在历史长河中的危险。
明朝虽然重建大理寺制度，但是大理寺的职权发生了重大变化。明朝推翻元廷后，朱元璋重设“三法司”，并下诏改建刑部、都察院、大理寺、审刑司，五军断事官署等衙门于南京太平门之外。他直接让大理寺卿的级别升至正三品，掌管审谳平反刑狱之政令。
也就是说与刑部的职权调了位置，让刑部负责审判，大理寺负责复核，与宋代刚好相反。而且在洪武年间，大理寺一会儿被改成磨勘司，一会儿直接取消设置，看似随心所欲，实际上是在将大理寺的司法职权进一步分割到刑部等其他部门之中，以便于加强皇权。
明成祖朱棣即位后巩固了大理寺的设置