成吉思汗自称的“上天之罚”，志费尼书中的原文是“安拉的惩罚”；译成欧洲文字时，它变成“上帝之鞭”。实际上成吉思汗这句话的原意，只可能是指他代表了“长生天的惩罚”。
不花剌城区被成吉思汗下令焚毁。除了砖墙结构的大清真寺和几座宫殿，市内房舍都化为灰烬。接着，蒙古军驱迫不花刺人一起去进攻内堡。这是他们惯用的行动方式，即征用作战当地的人力从事运输、造作等辅助性的准军事活动，在攻坚时又把他们用作蒙古军人的肉体盾牌。内堡的康里守军一直抵抗到该堡被完全攻陷，成年男子被屠三万多人，家属和幼小子女全数沦为奴婢。接着，成吉思汗领军，带着从不花剌居民中强行征发的从征队伍，往攻撒马尔干。
作为花刺子模的新都，撒马尔干的防御工事被当时人认为起码能经受几年的进攻。摩诃末在这里屯聚了五六万的守军。但他本人怯于和蒙古人交锋，这时已退至阿姆河以南。成吉思汗与攻克讹答刺后西驰的窝阔台、察合台会师于此。他用了两天时间观察地形，选择攻击的突破口。布阵围攻从抵达后第三天开始。经过两个白天的激烈交战，城中民心已经涣散，遂于第三日献出城区与外堡。蒙古人在拆毁内堡以外的全部城防工事之后，集中兵力猛攻内堡，