丽朝野的不满。1269年，高丽权臣废王植，另立新主。元遣兵压境。高丽西京（今朝鲜平壤）及西北地区六十余城降元，二十多年后才由元朝归还给高丽。原国王复位，抗元军队退入江华岛，复遁耽罗。元以耽罗“为南宋、日本冲要”，乃借口诛讨高丽叛臣余部，迫耽罗国降附。后因高丽要求，将耽罗归隶高丽。元与高丽间此后未再发生战争。
从1280年代起，元政府在高丽长期设置“征东行中书省”（又称“日本行省”），把高丽作为准备进攻日本的军事基地。征日本之役经两次失败搁置以后，征东行省的建制仍一直保留，惟朝廷不再专派行省长官，仅就用高丽国王为行省丞相。它与元王朝国内各行省的性质多有不同。由高丽国王兼任的行省丞相在其境内拥有自行设置官府、考试取士、征收赋税、施行号令的权力。如当时人所说，高丽“有宗庙蒸尝以奉其先也，有百官布列以率其职也，其行赏号令专行其国，征赋则尽是三韩之壤，唯所用之，不入天府”。高丽政府在元代基本上是独立地行使着国家主权。
不过，作为元朝的“属国”。高丽经常受元朝的榨取和压迫。元政府为笼络南宋降军，派人到高丽为他们“求娶妻室”。元使偕同高丽官员到处拘搜民间的独身女子、“逆贼之妻、僧