喜金刚作为最根本的尊崇对象来修行。随后，忽必烈也要求接受灌顶。但是由八思巴传授灌顶就是以八思巴为师。从此“上师”就要坐于弟子的上座。这使忽必烈十分为难。经由察必调解，双方约定：今后八思巴讲论佛法或人少时，可以坐在上座；吐蕃之事先征求八思巴意见再下令旨；忽必烈处理俗界政务的正式场合则坐上座，八思巴不得对他徇情干预。
忽必烈即将从事的南征要经过藏地东部边缘。大概忽必烈曾与八思巴商讨蒙古军道经吐蕃时向藏人征发钱粮人力的问题。八思巴力图劝说忽必烈豁免藏地助军的义务，当然使忽必烈感到不大中意。所以这次会面时间似乎不长。八思巴“旬日即乞西还”，回到“凉州王宫之佛殿”。
1254年初，蒙古军攻灭大理国。忽必烈分军留滇经略未服诸部，自己取原路班师，于当年夏天再次驻牧于六盘山。这时八思巴已从凉州动身，正在赶回萨斯迦的途中，听说忽必烈北还的消息，八思巴中途折返，“驰驿径往王府”。他受到忽必烈的热情接待，获得忽必烈颁赐的藏文令旨。根据藏学家陈庆英的汉语译文，令旨说，这位蒙古宗王已从“上师”八思巴处获得信仰，接受灌顶，乃以教法和僧伽的施主自任，“故此特赐给上师八思巴此项褒护藏地方三宝之所依