截四肢而不受伤来证明自己受“五部佛护佑”的功德。噶举派的文献则说，葛里麻拔噶希拒绝了忽必烈要他留侍左右的请求，不辞而别，后来又在漠北受宠于蒙哥。所以当他中统年间来到汉地时，被忽必烈拘捕并流放海边。无论如何，随着蒙哥汗去世、旭烈兀远走西域、阿里不哥兵败投降，忽必烈庇护下的萨斯迦派取得了在元代藏传佛教各派中定于一尊的地位。
中统元年（1260）十二月，八思巴被新即位的忽必烈封为国师，“授以玉印，统释教”。这时，忽必烈在全力应付与阿里不哥战争的同时，已开始为系统地建立元朝对藏地的行政统治做准备。中统三年初，他派遣专使持金字牌符入藏，向各寺院布施，实际意图是探视藏地的局势。八思巴为此专门写了一封信给藏地佛教各派的领袖，要他们慎重接待朝廷特使。在他的信里，八思巴再次强调，他以国师身份留住汉地，不是为了萨斯迦一派的利益，而是为了“整个佛法及所有众人之事”。
争位之战结束以后，忽必烈正式着手进一步治理藏地。至元初，在藏地最东北的边区（今甘青地区）设立“吐蕃宣慰司”。元军在这里“随地厄塞设屯”，用“恩威并著”的手段“镇抚”藏人各部。对今川北藏区，元廷也置司“招谕”、“镇抚”。与此同