元军和由河南地主组织的“义军”入援关中，红巾军乃放弃攻取奉元。这年秋天，刘福通又遣白不信、大刀敖、李喜喜等增援西路红巾。他们从今秦岭南麓绕行陕西西南境，取兴元路（治今陕西汉中）、秦州（治今甘肃天水）、陇州（今陕西陇县），西至巩昌路（今甘肃陇西）。十月，回军东向，进攻凤翔（今属陕西）。红巾军的死对头、河南“义军”将领察罕帖木儿（内迁河南后落籍在那里的畏兀儿人）率部驰援，红巾军战败。龙凤四年（1358），李喜喜率一部分西路红巾入川，退出西征的军事活动。李武、崔德等局促于陕西西北边隅，虽曾在次年（1359）攻占灵州（在今宁夏灵武西南）、宁夏路（治今宁夏银川）等地，但难以再进入关中核心地区。龙凤六年（1360）五月，崔德、李武向陕甘宁地区的地主武装头子李思齐投降。至此，西路军完全瓦解。
东路红巾军由毛贵率领。他是龙凤政权置于淮安（今属江苏）的“行中书省”将领，在海宁州（在今江苏连云港西南）被元军追袭，航海攻取山东。东路红巾军的北伐实际上从这时已经开始。龙凤三年（1357）二月至四月，毛贵占领了山东半岛大部，扼守益都（今属山东）。虎视全鲁。七月，镇守黄河的元“义兵”万户田丰倒戈，在鲁西