阔出伐宋时告诫他：“凡军中事须访（李）祯以行。”元世祖呼高智耀为高秀才而不名。回回人赛典赤一直为忽必烈所器重，让他去云南任行省平章，他死后，其子纳速刺丁继续守滇。对吐暮等族上层也竭力拉拢，喇嘛首领八思巴等被封为“国师”。大理段氏的子孙如信苴日等，也都曾享受过特殊的优待。
由此可见，元朝政权的性质仍是以蒙古贵族为首、包括各族上层人士在内的封建统治阶级对各族人民的联合专政。忽必烈治国打江山难，守江山更难。
平定诸王叛乱海都是窝阔台汗的孙子，对大汗位落入拖雷系一直心怀不满。阿里不哥失败后，他占领窝阔台汗国领地，于至元五年（公元1268年）发动叛乱。被击败后，他又和察合台汗的孙子笃哇勾结在一起，骚扰火州（吐鲁番高昌故城）。
至元二十四年（公元1287年），海都又煽动东部诸王后裔乃颜、势都儿、哈丹等人发动叛乱。元世祖闻讯后，亲率两路大军前往镇压，消灭了叛乱势力。
元世祖在平定东北诸王叛乱后，设置了辽阳行省，并在叛王封地内置万户府，用以削弱藩王的权力。这时海都在西北仍不断骚扰，公元1289年7月，世祖已经74岁，仍决定率兵亲征。海都闻讯远逃。世祖去世时，海都