设置了路、府、州、县。又设置若干军民总管府。元世祖派回回人赛典赤赡思丁为第一任云南行省的最高长官“平章政事”。此后云南和内地的联系也更加密切。
元代，祖国大陆与台湾之间的政治关系有了新的发展。至元时，在澎湖设立巡检司，“隶泉州晋江县”。元朝通过澎湖巡检司管辖澎湖与台湾。这是中国政府在台湾地区正式建立的行政权力机构。
大一统元朝大统一的政治形势，促进了边疆各族和中原地区经济、文化联系的发展；各民族联系的加强，又巩固了空前统一的国家。由于当时大量汉族被签发到边地去开垦，边疆各族也大量迁入内地定居，宋、辽、西夏、金时期各少数民族偏守一隅的情况逐渐有了变化，相互间开始加强了沟通和联系。过去视为边陲绝域的地区都和中原成为同呼吸共命运的整体。原有的地域观念逐渐减弱。
元朝是我国统一多民族国家形成的重要阶段。中国的回族，就是在这个时期开始形成的。在元代“回回”一词最初是指由中亚、阿拉伯、波斯等地迁到中国的人。经过长期在内地与其他各族杂居，彼此互通婚姻，文化上互相渗透，逐渐在中国境内形成了具有独特生活习惯、宗教信仰、文化特点的新民族——回族。回族的形成，说明元朝时期中国民