于吐蕃新兴封建领主的支持，日渐兴盛。
自元世祖起，元朝历代皇帝后妃都尊喇嘛为帝师，并亲自受戒。因此，喇嘛们受到特别的尊崇和优待。
佛教在内地的各宗派，在元代也都十分兴盛。元代刻的佛教大藏经在佛教经典的传布上是一件大事，后来的明藏、清藏，都是以此为基础而修纂的。元代的道教，除了张天师的嫡系称为正一教外，还有全真教、真大道教和太一教等流派。全真教势力最大，教主丘处机（长春真人）曾应成吉思汗之召到过中亚等地，其弟子李志常据实写了一部《长春真人西游记》，是研究中西交通史的珍贵史料。
不仅本国宗教得到了极大发展，外来的宗教也在元朝获得了一席之地，这在中国历史可谓少有。元代把基督教称为也里可温，亦称也立乔，意为信仰基督之人。元代中国的基督教有两派。一派是聂士脱里派，是随着波斯商人由泉州、广州各沿海城市传入内地的；另一派是天主教的圣方济各派，在公元1292年前后，教皇曾派遣意大利传教士约翰·孟德高维奴来北京传教，任第一任天主教总主教。元代基督教在全国各地都有信徒，在沿海城市和内地都有教堂。
伊斯兰教在元代也是随着阿拉伯人、波斯人和突厥人东来的。他们信奉伊斯兰教