虽下，皇太子坐视不动，扩廓帖木儿及诸路军阀也都拒命不受。此时，扩廓帖木儿的部将貊高、关保见主帅不奉君命只顾打内战，便倒向朝廷一边，转过头来攻打扩廓帖木儿，得到了元顺帝的支持。
迎接新的王朝至正二十八年（公元1368年）正月，朱元璋在南京称帝，建国号为明。二月，徐达率军攻占山东各地，接着回师河南，兵锋直指汴梁、洛阳，而元朝军阀内战仍在继续。这年闰七月，元顺帝见局势不妙，只好再恢复扩廓帖木儿河南王和中书左丞相的职务，让他率军南下，幻想依靠他挽回败局。这时，明军已经会师山东临清，直趋大都。
至正二十八年（公元1368年）闰七月二十八日，徐达率领明军攻陷通州，元顺帝闻知，不顾大臣们的再三劝阻，决意出逃。当晚，元顺帝率同后妃、太子和一些大臣，打开健德门逃出大都，经居庸关，奔向上都。
八月二日，徐达率军攻入大都。至此，统治了97年的元朝政权宣告结束。明洪武三年（公元1370年）四月，做了35年皇帝的元顺帝因痢疾死于应昌（今内蒙古达里诺尔西南）。其子爱猷识礼达腊继位，携残部退到塞外和林一带，史称北元。
到洪武二十年（公元1387年），占据辽东的纳哈出归降明朝，