与察合台的严重不和，导致指挥混乱，号令不一。围攻玉龙杰赤的战斗进行了数月，军事上却毫无进展。消息报告到成吉思汗处，他命令由窝阔台担任全军统帅，指挥攻城。窝阔台调解了两位兄长的矛盾，坚古代风景画鉴赏定地执行成吉思汗的命令，使蒙古军齐心协力投入战斗，终于攻占了这座城市。他们照例将居民驱往城外，将其中的十万名工匠送到了蒙古本部，妇女和儿童全部成了俘虏，其余的人则全部遭到杀害。他们在掠夺和洗劫了这座城市后，又决阿姆河水灌城，使花剌子模的都城变成了一片汪洋。
成吉思汗在撒马尔罕住了一段时间后，就移军那沙黑不（今乌兹别克斯坦哈尔希）附近草原，休养士马，一俟秋高马肥，他与幼子拖雷便开始了向阿姆河南呼罗珊地区进军的行动。大军自那沙黑不经铁门关（今乌兹别克斯坦沙赫尔夏勃兹南九十公里拜松山中的布兹加勒山口）南下，抵达阿姆河北岸的忒耳迷（今乌兹别克斯坦克尔梅兹）。忒耳迷军民依靠坚固的城防，充足的装备，坚持抵抗了十一天。经过激烈的战斗，成吉思汗的军队终于攻下了这座城市。居民们因进行了抵抗而悉数被杀。然后，他分兵攻略附近城寨，派拖雷进军呼罗珊，还派出一支军队进入巴达哈伤（喷赤河与兴都库什山之间）地区。