严禁杀掠，迅速安定了临安城的社会秩序。同时，清点登记宋朝府库和宫中各类物品，将大批财宝、器物、图籍送往大都。
临安失陷后，南宋残余势力有张世杰、陈宜忠等拥立赵氏二王所建立的逃亡政权；李庭芝、姜才在淮东的势力；马（概）在广西的势力；文天祥在江西的势力和张珏在东川的势力。1276年二月，夏贵以淮西诸郡降。7月，坚守扬州的李庭芝、姜才南下，留朱焕守扬州。庭芝等走后，朱焕以扬州降。元军俘庭芝、姜才于泰州，淮东入元。广西静江守将马坻被俘杀，广西入元。1278年，泸州、重庆为元军占领，合州降，巴蜀战事结束。
1277年，文天祥在江西起兵，大江南北诸城邑多乘势杀元守将响应。湖南抗元势力也乘时而起，在潭州、江西、福建三行省的联合进攻下，失利。江西、湖南战事平。1278年，文天祥入广东，与张世杰、陈宜忠合，十二月，文天祥在广东五岭被俘。
宋二王逃出临安后，先后至婺州、温州，1276年五月，陈宜忠、陆秀夫等立赵昰为端宗。十一月，陈宜忠、张世杰奉端宗逃往海上。1277年再逃至官富场（今香港九龙城南）。后辗转至秀山（今广东东莞市虎门）、香山（今广东中山市）。1278年春，移至砜州