，大汗及其同母诸弟和窝阔台子阔端在西藏都有封地，诸王在封地内设有类似管理中原封地最高长官的达鲁花赤一样的守土官。这时的分封，只限于乌思藏地区，尚未扩展至阿里。到忽必烈即位后，随着中央集权化的加强，在其确立了对包括阿里地区在内的整个西藏的统治后，没有再实行分封，而代之以派遣皇子西平王奥鲁赤出镇西藏地区。
中统元年（1260），忽必烈以八思巴为国师，掌管佛教事务。至元元年（1264），在元朝中央政府设总制院。掌释教僧徒和西藏事务，以国师八思巴统领院事，桑哥兼总制院使。至元二十五年（1288），“桑哥又以总制院所统西蕃诸宣慰司，军民财谷，事体甚重，宜有以崇异之”奏请，于是，“因唐制吐蕃来朝见于宣政殿之故，更名为宣政院”1。宣政院是专管佛教和西藏地方事务的中央机构。置院使二员、同知二员、副使二员，其人选则军民通摄，僧俗并用。西藏军民事务皆隶属宣政院管辖，小规模的军事活动，由宣政院直接处理，或置分院往镇；有大征伐则由宣政院会同枢密院讨论决定。
总制院设立的同时，国师八思巴返回西藏，协助蒙古贵族建立西藏地区的行政体制。同时，忽必烈又委派总制院使答失蛮前往，沿途清查户口、物产、道