珍疑惧，不受命。遂拥船千艘，据海道，阻绝粮运。
江浙行省左丞帖里帖木儿和江南行台侍御史左答纳失里以招降不成，获罪。以江浙行省参知政事阿儿温沙升本省右丞，浙东宣慰使恩宁普为江浙行省参知政事，皆总兵讨方国珍。又设浙江元帅于庆元，以纳麟哈剌为元帅，备御方国珍。纳麟哈剌治铠仗，理舟楫，运粮饷，以给军用。方国珍则不时于海上袭击元朝所运军资粮饷。
至此，方国珍已经三降三反。至正十五年（1355），朝廷拟以海道巡防万户职招降。十六年，方国珍再降，以为海道运粮漕运万户，兼防御海道运粮万户，其兄国璋为衢州路总管，兼防御海道事。
十七年（1357），受江浙行省命率温、台、明三州舟师袭张士诚予太仓。十八年（1358），元授方国珍江浙行省参知政事，海道运粮万户如故。五月，又为江浙行省左丞兼海道运粮万户。国珍既为行省官兼运粮万户，每年白海道运粮至京师，为朝廷所倚重，又与御史大夫拜住哥情好甚密，于是以其侄明善为镇抚驻温州，进而控制了台州和庆元。北上余姚、上虞，控地与张士诚接。
时，朱元璋以建康为根据地，开始向周围发展势力，十二月，遣人招谕方国珍。方国珍又决定投降朱元璋，与之