八月初二，明军入京城，帖木儿不花、庆童被明军俘虏后杀死。
顺帝出京后，用17天的时间赶到上都。上都宫殿、官署已被红巾军焚毁。顺帝一行只好再住毡帐。又担心明军尾随而至，终日惶惶不安。逃出京师后，顺帝再次调整了中书人选。以原辽阳行省左丞相也速不花为中书左丞相，鼎住为中书平章政事，魏伯颜为参知政事，又封扩廓帖木儿为齐王、中书右丞相，并与群臣商议恢复大计。
时扩廓帖木儿尚有大军十万屯驻山西，李思齐、张良弼则盘距陕西，辽阳尚有元兵十万，梁王巴匝剌瓦尔密在云南仍为元朝守。
在元朝君臣商讨如何把元朝的统治继续下去时，明朝却在部署乘胜消灭以山西、陕西为主的元朝残余势力。八月，朱元璋命徐达、常遇春进取山西，并遣汤和、冯宗异率军增援。元顺帝则迫不及待地遣扩廓帖木儿出兵收复大都。扩廓帖木儿兵至保安，明军却乘虚谋取太原，扩廓帖木儿急回军救太原，双方相持三日，徐达夜袭，扩廓帖木儿兵败，与十八骑逃出，奔大同。明军乘势占领山西。扩廓帖木儿撒至甘肃、宁夏。
至正二十九年（明洪武二年，1369），明军主力进攻陕甘。元顺帝仍不甘心大都失守，二月，派右丞相也速以精骑四万抵通州，明守