形势面前，大将徐怀玉展现出惊人的冷静和顽强的意志。他在淮北一线顽强抵抗，扼制了淮南军疯狂追击的势头。不久，牛存节收拢葛从周部的败兵八千人归来，进一步加强了徐州一带的防御。在淮河以北劫掠一番后，杨行密的各路大军心满意足地退回淮南。
杨行密很清楚对手的实力，朱温虽然在清口大败，但家底仍在。这个中原霸主不是自己能一口吞下的。
至此，朱温对淮南的大举征讨以完败收场。
这是朱温军事生涯中为数不多的重大失败，而当我们纵览即将形成的五代十国，清口之战却成为影响了未来天下格局的一场重要战役。
清口之战后，淮南声威大震，原先依附朱温的江南各个藩镇，如荆南（今湖北江陵）、朗州（今湖南常德）等地节度使纷纷与汴州断交，山南东道节度使赵匡凝更是一头倒向杨行密，摇身一变，成了倒朱的急先锋。而朱温留在海州的守将陈海宾则直接向杨行密献城投降。朱温在两淮的防线全线动摇。
此战之后，朱温的死敌朱瑾几乎每年都向徐州、宿州一带发动进攻，令汴军疲于奔命。朱温一举吞并淮南的计划不但破产，更在两淮地区全线处于守势。
天复二年（902年），朝廷不得不正视杨行密在江东的地位，